Катедрите се основни внатрешни организациони единици на факултетот. Во моментов на Градежен факултет-Скопје функционираат 14 катедри, кои заради поврзување на научните области, насочување и усогласување на наставно-образовната и со неа поврзаната научно-истражувачка дејност, се организирани во 5 оддели:
| I. Оддел за анализа на конструкции и земјотресно инженерство
раководител: проф. д-р Елена Думова-Јованоска |
| 1. Катедра за механика и материјали
раководител: проф. д-р Мери Цветковска |
| 2. Катедра за теорија на конструкции и компјутерска анализа
раководител: проф. д-р Елена Думова-Јованоска |
| II. Оддел за конструкции
раководител: вонр. проф. д-р Тони Аранѓеловски |
| 3. Катедра за бетонски и дрвени конструкции
раководител: вонр. проф. д-р Тони Аранѓеловски |
| 4. Катедра за метални конструкции
раководител: доц. д-р Денис Поповски |
| III. Оддел за хидротехника и организација на градбата
раководител: проф. д-р Валентина Жилеска-Панчовска |
| 5. Катедра за хидраулика, хидрологија и уредување на водотеци
раководител: вонр. проф. д-р Виолета Ѓешовска |
| 6. Катедра за водоснабдување, канализација и мелиорации
раководител: проф. д-р Катерина Доневска |
| 7. Катедра за хидротехнички објекти
раководител: доц. д-р Стевчо Митовски |
| 8. Катедра за организација и технологија на градба
раководител: проф. д-р Валентина Жилеска-Панчовска |
| IV. Оддел за геотехника, патишта и железници
раководител: доц. д-р Јован Папиќ |
| 9. Катедра за патишта
раководител: вонр. проф. д-р Горан Мијоски |
| 10. Катедра за железници
раководител: доц. д-р Златко Зафировски |
| 11. Катедра за геотехника
раководител: доц. д-р Јован Папиќ |
| V. Оддел за геодезија и математика
раководител: доц. д-р Зоран Мисајлески |
| 12. Катедра за геодезија
раководител: проф. д-р Ванчо Ѓорѓиев |
| 13. Катедра за виша геодезија
раководител: проф. д-р Златко Србиноски |
| 14. Катедра за математика и информатика
раководител: доц. д-р Зоран Мисајлески |